หน่วยตรวจสอบภายใน เป็นหน่วยงานที่คณะเวชศาสตร์เขตร้อนจัดให้มีขึ้นเพื่อปฏิบัติหน้าที่ด้านการตรวจสอบภายใน   ตลอดจนให้คำปรึกษาแนะนำเพื่อให้เกิดการปรับปรุงและพัฒนากระบวนการปฏิบัติงานต่าง ๆ ของคณะฯ เพื่อให้สามารถบรรลุถึงวัตถุประสงค์ได้อย่างยั่งยืนโดยการคำนึงถึงความเพียงพอ เหมาะสมของระบบการควบคุมภายใน การบริหารความเสี่ยง  และหลักธรรมาภิบาล เป็นการส่งเสริมและสนับสนุนให้ผู้ปฏิบัติงานของบุคลากรคณะฯ สามารถปฏิบัติงานในหน้าที่ของตนได้อย่างมีคุณภาพมีประสิทธิภาพและประสิทธิผล   รวมทั้งเพื่อเสริมสร้างความมั่นใจเกี่ยวกับการดำเนินงานของหน่วยงานโดยการให้ข้อมูลแก่ฝ่ายบริหาร