ศูนย์วิจัยโรคเขตร้อนกาญจนบุรี ทำหน้าที่เป็นฐานสนับสนุนงานวิจัยด้านเวชศาสตร์เขตร้อนในพื้นที่ภาคตะวันตกของประเทศไทย โดยเฉพาะการวิจัยที่เกี่ยวข้องกับแมลงพาหะนำโรคและโรคเขตร้อนอื่น ๆ ที่พบมากในพื้นที่ชายแดน ศูนย์ฯ ส่งเสริมความร่วมมือกับหน่วยงานภายนอกมหาวิทยาลัย ทั้งภาครัฐและภาคเอกชนในพื้นที่ เพื่อร่วมกันพัฒนางานวิจัยที่ตอบโจทย์ปัญหาสาธารณสุขในระดับภูมิภาคและระดับประเทศ